看病是個人私事還是政府責任？
課題組2005年報告的一個基本觀點即反對醫(yī)改全面市場化傾向，目前這一說法已基本獲得認同。衛(wèi)生部原部長高強在2006年7月1日的報告會上，就已經改變了對醫(yī)改方向的措辭，要求“既要堅持政府主導，又要引入市場機制”。
通過近兩年的討論，全社會已形成共識：政府應承擔公共衛(wèi)生及全民基本醫(yī)療。
2007年1月8日，在全國衛(wèi)生工作會議上，高強指出，醫(yī)改要建立四項基本制度：建設覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本衛(wèi)生保健制度；建立國家基本藥物制度；建立多層次的醫(yī)療保障制度；進行公立醫(yī)院改革。
課題組認為，我國目前醫(yī)療保障制度的現實是，大部分社會成員仍沒有任何形式的制度化保障。正在實施的城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險制度和新型農村合作醫(yī)療制度都是以保大病（住院）為主，即使被這兩種制度所覆蓋的人，主要需要通過門診解決的常見病、多發(fā)病問題也沒有保障。我國應盡快構建面向全民的、以政府直接財政投入為主的、立足基層醫(yī)療衛(wèi)生服務機構的基本衛(wèi)生保健制度，使所有人的最基本醫(yī)療都能得到保障。同時，進一步發(fā)展、完善城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險和新型農村合作醫(yī)療。
目前有一種觀點認為，政府應主要針對貧困人口建立醫(yī)療保障和醫(yī)療救助制度。課題組認為，在大多數人尚缺乏保障的背景下，醫(yī)療保障制度應采取普惠制方式，否則會使遭遇疾病風險的其他社會成員“因病致貧”、“因病返貧”，進而帶來多方面經濟和社會問題。
預防為主還是無限救治？
預防為主還是無限救治？這不僅是一個醫(yī)學問題，也是一個經濟問題和倫理問題。
課題組認為，新中國成立至今，我國國民健康水平之所以有巨大提高，正是因為貫徹了“預防為主”的方針。而近20多年來，這一方針被忽視了。在我國經濟基礎尚不堅實的情況下，更應堅持這一方針，不然隨著老齡化的加劇，醫(yī)療衛(wèi)生的資金壓力將會急劇加大。
課題組認為應該從兩個方面來貫徹“預防為主”的方針，一是加強公共衛(wèi)生（包括對公眾生活方式的干預），防治結合，這些都體現在課題組建議的基本衛(wèi)生保健制度設計中。二是在醫(yī)療保障中，應優(yōu)先保障多發(fā)病、常見病。對于現代醫(yī)學無能為力或治療效果較差的，應采取保守治療。
我國目前的醫(yī)保有點尷尬。由于納入醫(yī)保的病種和用藥范圍有限，很多病人的用藥都在醫(yī)保范圍之外，報銷后的醫(yī)藥費還是讓市民難以承受，“小病不保，大病保不了。”
在此新一輪醫(yī)改熱潮中，對重點保大病還是保小病，各方意見不一。不少人認為，小病花費少，可以由個人和家庭力量來解決；大病花費多，只能通過完善醫(yī)療保障制度來解決。目前的城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療和新型農村合作醫(yī)療制度設計，都是按照這種思路設計的。
但也有人認為，在“大病免費，小病出錢”的政策下，患者和醫(yī)生都傾向于將“小病”當成“大病”治，從而造成醫(yī)療資源浪費。
在這兩種路徑之爭中，課題組傾向于后者，認為“大病免費，小病出錢”實際上是為少數人制定的政策，因為生大病的人畢竟是少數。為了保障大多數人的利益，同時立足于“人人享有基本衛(wèi)生保健”的目標，作為政府發(fā)揮職能的醫(yī)療保障，只能定位于常見病、多發(fā)病。
那么，人們得了大病個人無力支付怎么辦？
課題組認為，應該靠基本醫(yī)療保障之外的制度去解決。應盡可能利用現有制度基礎，包括目前的城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保障制度、新型農村合作醫(yī)療制度、商業(yè)保險及社會醫(yī)療救助等。通過政府鼓勵、相關政策優(yōu)惠等，使盡可能多的人得到更好的醫(yī)療保障。
補患者還是補醫(yī)院？
醫(yī)療服務的籌資和付費方式是醫(yī)療保障的一個重點，也是目前爭議最多的問題。在醫(yī)療保障領域應該加強政府籌資已成為共識。但關鍵在于，如何讓政府投入變成公眾福利？具體來說，就是補貼供方（醫(yī)院）還是補貼需方（患者）？
“補患者”看似公平，但因為這種做法是公共資金跟著人頭走，必然帶來組織和管理成本過高的問題。“補醫(yī)院”的缺點則是，容易形成醫(yī)療衛(wèi)生資源壟斷，導致醫(yī)療機構效率低下。
課題組認為，考慮到我國國情，應形成以“補醫(yī)院“為主的混合體制。基本醫(yī)療保障所需的資金，應當通過政府財政預算方式來籌集。
在基本衛(wèi)生醫(yī)療層面，主要采取“補醫(yī)院”的方式，由基層醫(yī)療衛(wèi)生服務機構直接提供基本免費的服務；而針對一些大病，則依托現有的城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險和新型農村合作醫(yī)療制度，繼續(xù)延用“補患者”的方式。但具體政策設計還需要進一步完善，比如逐步引入總額預付、按病種付費等，以更好地對服務提供方形成制約。
同時，在醫(yī)院引入競爭性人事制度、強化績效考評，強化政府和公眾監(jiān)督，以形成對醫(yī)院的制約。
報銷還是預付？
在醫(yī)療保險中，付費方式如何選擇？目前，中國城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險以及新型農村合作醫(yī)療制度都是采取保險方式籌資，當參保人發(fā)生費用后，由承辦機構按照規(guī)定比例予以報銷，也就是報銷制。
這種做法帶來的問題是，對貧困家庭而言，籌錢看病成了首要難事。
課題組認為，應將報銷制統(tǒng)一改為預付制，患者看病只支付自負部分。有些地方已經開始嘗試。
認可差異還是追求公平？
中國是一個大國，城鄉(xiāng)之間、地區(qū)之間發(fā)展不平衡的問題非常突出。在這種情況下，醫(yī)療保障制度建設是認可差異還是追求統(tǒng)一，也是醫(yī)改的熱點問題。
這些年的相關制度設計，在不同地區(qū)和人群間，醫(yī)療保障的制度設計是不一樣的。課題組認為，要滿足所有社會成員的基本醫(yī)療服務需求，在基本保障層面必須突出公平性，即在所有人群中提供大致均等的保障服務。
當然，短期內做到完全統(tǒng)一是不可能的。但至少要解決兩個方面的問題：其一，通過國家財政預算投入實施的基本保障應基本做到全國一致。在此基礎上，允許個別地區(qū)通過自身財政力量提高某些保障標準。其二，基本保障以外，諸如以大病為主的保險等相關制度設計應該具有體制上的開放性，而不應簡單以戶籍為界。